Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- c -

• C0 : ForceFields::UFF::InversionContribsParams
• C1 : ForceFields::UFF::InversionContribsParams
• C2 : ForceFields::UFF::InversionContribsParams
• CachedMolHolder() : RDKit::CachedMolHolder
• CachedSmilesMolHolder() : RDKit::CachedSmilesMolHolder
• CachedTrustedSmilesMolHolder() : RDKit::CachedTrustedSmilesMolHolder
• calcAnnotationPosition() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• calcCentre() : RDKit::MolDraw2D_detail::StringRect
• calcChiralVolume() : DistGeom::ChiralViolationContrib
• calcCorners() : RDKit::MolDraw2D_detail::StringRect
• calcDoubleBondLines() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• calcEnergy() : ForceFields::ForceField
• calcExplicitValence() : RDKit::Atom
• calcGlyphBBox() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFT
• calcGrad() : ForceFields::ForceField
• calcImplicitValence() : RDKit::Atom
• calcMeanBondLength() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• calcMetricMatrix() : RDDataManip::MetricMatrixCalc< vectType, entryType >
• calcRadicalRect() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• calcSymbolEllipse() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMolMCHCircleAndLine
• calcTripleBondLines() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• calculateScale() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• callback : RDKit::DGeomHelpers::EmbedParameters
• Canceled : RDKit::MCSResult
• canGrowBiggerThan() : RDKit::FMCS::Seed
• canonical : RDKit::SmilesWriteParams
• canonicalize() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
• canonicalizeInPlace() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
• canonicalizeOrientation() : RDDepict::EmbeddedFrag
• canonOrient : RDDepict::Compute2DCoordParameters
• canSerialize() : RDKit::CustomPropHandler, RDKit::DataStructsExplicitBitVecPropHandler
• CartesianProduct() : RDKit::CartesianProduct
• CartesianProductStrategy() : RDKit::CartesianProductStrategy
• CAT_GRAPH_TRAITS : RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
• Catalog() : RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
• CatalogGraph : RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
• ccw : RDDepict::EmbeddedAtom
• cds_ : RDKit::MolDraw2D_detail::AtomSymbol
• center : RDKit::MarvinMulticenterSgroup, RDKit::MarvinRectangle
• centeredOn : RDKit::Chirality::StereoInfo
• centerIsStale : RDKit::MarvinRectangle
• centreMoleculesBeforeDrawing : RDKit::MolDrawOptions
• CENTROID : RDPickers::HierarchicalClusterPicker
• changeRoot() : RDKit::CIPLabeler::Digraph
• changeToDrawCoords() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• char_type : boost_adaptbx::python::streambuf
• charge : RDKit::MarvinGenericSgroup, RDKit::MarvinMonomerSgroup
• Charge : RDKit::MolStandardize::ChargeCorrection, RDKit::StructureCheck::AugmentedAtom, RDKit::StructureCheck::Ligand
• ChargeCorrection() : RDKit::MolStandardize::ChargeCorrection
• ChargeFix() : RDKit::StructureCheck::ChargeFix
• ChargeIncTable : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• Charges : RDKit::MolStandardize::TautomerTransform
• checkAllBondsToAttachmentPointPresent() : RDKit::RCore
• checkAllBondsToRGroupPresent() : RDKit::RCore
• CheckCollisions : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• checkForEnd() : RDKit::v2::FileParsers::ForwardSDMolSupplier
• checkIfMatchAndAppend() : RDKit::FMCS::MaximumCommonSubgraph
• checkMolStructure() : RDKit::StructureCheck::StructChecker
• CheckStereo : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• checkValid() : DistGeom::BoundsMatrix
• CHEMBL : RDKit::FilterCatalogParams
• CHEMBL_BMS : RDKit::FilterCatalogParams
• CHEMBL_Dundee : RDKit::FilterCatalogParams
• CHEMBL_Glaxo : RDKit::FilterCatalogParams
• CHEMBL_Inpharmatica : RDKit::FilterCatalogParams
• CHEMBL_LINT : RDKit::FilterCatalogParams
• CHEMBL_MLSMR : RDKit::FilterCatalogParams
• CHEMBL_SureChEMBL : RDKit::FilterCatalogParams
• ChemicalFeature() : ChemicalFeatures::ChemicalFeature
• ChemicalReaction() : RDKit::ChemicalReaction
• ChemicalReactionException() : RDKit::ChemicalReactionException
• ChemicalReactionParserException() : RDKit::ChemicalReactionParserException
• chi : ForceFields::MMFF::MMFFCovRadPauEle
• CHI_ALLENE : RDKit::Atom
• CHI_OCTAHEDRAL : RDKit::Atom
• CHI_OTHER : RDKit::Atom
• CHI_SQUAREPLANAR : RDKit::Atom
• CHI_TETRAHEDRAL : RDKit::Atom
• CHI_TETRAHEDRAL_CCW : RDKit::Atom
• CHI_TETRAHEDRAL_CW : RDKit::Atom
• CHI_TRIGONALBIPYRAMIDAL : RDKit::Atom
• CHI_UNSPECIFIED : RDKit::Atom
• CHILD_TYPE : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
• CHILD_VECT : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
• CHILD_VECT_CI : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
• CHILD_VECT_I : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
• CHIRAL_ATOM : RDKit::StereoBondThresholds
• ChiralAtomCompareFunctor() : RDKit::Canon::ChiralAtomCompareFunctor
• ChiralSet() : DistGeom::ChiralSet
• ChiralType : RDKit::Atom
• ChiralViolationContrib() : DistGeom::ChiralViolationContrib
• ChiralViolationContribs() : DistGeom::ChiralViolationContribs
• ChiralViolationContribsParams() : DistGeom::ChiralViolationContribsParams
• CHISQUARE : RDInfoTheory::InfoBitRanker
• choose() : RDKit::MolStandardize::LargestFragmentChooser
• chooseInPlace() : RDKit::MolStandardize::LargestFragmentChooser
• chromosomeLength() : RDKit::RGroupGa
• chunkSize : RDKit::RGroupDecompositionParameters
• CIPMol() : RDKit::CIPLabeler::CIPMol
• CIPMolIter() : RDKit::CIPLabeler::CIPMolSpan< T, U >::CIPMolIter
• CIPMolSpan() : RDKit::CIPLabeler::CIPMolSpan< T, U >
• circleAtoms : RDKit::MolDrawOptions
• CISTRANS : RDDepict::EmbeddedAtom
• CisTransNbr : RDDepict::EmbeddedAtom
• clash_score_ : RDKit::MolDraw2D_detail::StringRect
• clashLimit : RDKit::MolStandardize::Layout2DValidation
• class_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawAnnotation
• cleanup() : RDKit::FPBReader
• cleanup_rdvalue() : RDKit::RDValue
• cleanUpNumbering() : RDKit::MarvinMolBase
• cleanUpNumberingMolsAtomsBonds() : RDKit::MarvinMolBase, RDKit::MarvinSuperatomSgroup
• CleanupParameters() : RDKit::MolStandardize::CleanupParameters
• cleanUpSgNumbering() : RDKit::MarvinMolBase
• cleanupSubstructures : RDKit::v2::FileParsers::Mol2ParserParams
• clear() : Queries::SetQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, RDKit::FingerprintVarianceScoreData, RDKit::FMCS::DuplicatedSeedCache, RDKit::FMCS::SeedSet, RDKit::FMCS::TargetMatch, RDKit::FMCS::TArray2D< T >, RDKit::RDProps, RDKit::RWMol, RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions, RDKit::Trajectory
• clearAllAtomBookmarks() : RDKit::ROMol
• clearAllBondBookmarks() : RDKit::ROMol
• clearAtomBookmark() : RDKit::ROMol
• clearAttachPoints() : RDKit::SubstanceGroup
• clearBackground : RDKit::MolDrawOptions
• clearBits() : BitVect, ExplicitBitVect, SparseBitVect
• clearBondBookmark() : RDKit::ROMol
• clearBrackets() : RDKit::SubstanceGroup
• clearCache() : RDKit::MolChemicalFeature
• clearComputedProps() : RDKit::RDProps, RDKit::ROMol
• clearConformers() : RDKit::ROMol
• clearConfs : RDDepict::Compute2DCoordParameters, RDKit::DGeomHelpers::EmbedParameters
• clearCStates() : RDKit::SubstanceGroup
• clearDrawing() : RDKit::MolDraw2D, RDKit::MolDraw2DCairo, RDKit::MolDraw2DJS, RDKit::MolDraw2DQt, RDKit::MolDraw2DSVG, RDKit::MolDraw2Dwx
• clearProp() : RDKit::FilterCatalogEntry, RDKit::FragCatalogEntry, RDKit::MolCatalogEntry, RDKit::RDProps
• ClearTee() : boost::logging::rdLogger
• clearTieStore() : RDKit::RGroupScorer
• clearVal() : RDKit::Dict
• CLINK : RDPickers::HierarchicalClusterPicker
• clone() : RDKit::AtomInvariantsGenerator, RDKit::AtomPair::AtomPairAtomInvGenerator, RDKit::BondInvariantsGenerator, RDKit::CustomPropHandler, RDKit::DataStructsExplicitBitVecPropHandler
• Clone() : RDKit::FilterMatcherBase
• clone() : RDKit::MorganFingerprint::MorganAtomInvGenerator, RDKit::MorganFingerprint::MorganBondInvGenerator, RDKit::MorganFingerprint::MorganFeatureAtomInvGenerator, RDKit::RDKitFP::RDKitFPAtomInvGenerator
• close() : RDKit::MolWriter, RDKit::PDBWriter, RDKit::SDWriter, RDKit::SmilesWriter, RDKit::TDTWriter, RDKit::v1::MolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::MolSupplier
• cluster() : RDPickers::HierarchicalClusterPicker
• clusterMergeSim : RDKit::RascalMCES::RascalClusterOptions
• ClusterMethod : RDPickers::HierarchicalClusterPicker
• coeff : RDKit::MolAlign::O3AFuncData
• col2_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeDashedWedge, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeSolidWedge, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeWavyLine
• CollectionType : RDKit::MolChemicalFeatureDef
• collectMolCounts : RDKit::ScaffoldNetwork::ScaffoldNetworkParams
• collectVotes() : RDInfoTheory::BitCorrMatGenerator
• CollisionLimitPercent : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• colour() : RDKit::MolDraw2D, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
• colour_ : RDKit::MolDraw2D_detail::AtomSymbol, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawAnnotation, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
• colourMap : RDKit::MolDraw2DUtils::ContourParams
• combinedMol : RDKit::RGroupData
• comicMode : RDKit::MolDrawOptions
• comment : RDKit::FilterData_t
• commitBatchEdit() : RDKit::RWMol
• commonArgumentsString() : RDKit::FingerprintArguments
• compact() : RDPickers::LeaderPickerState< T >
• compact_next() : RDPickers::LeaderPickerState< T >
• compare() : RDKit::Canon::bondholder, RDKit::CIPLabeler::Rule1a, RDKit::CIPLabeler::Rule1b, RDKit::CIPLabeler::Rule2, RDKit::CIPLabeler::Rule3, RDKit::CIPLabeler::Rule4a, RDKit::CIPLabeler::Rule4b, RDKit::CIPLabeler::Rule4c, RDKit::CIPLabeler::Rule5, RDKit::CIPLabeler::Rule5New, RDKit::CIPLabeler::Rule6, RDKit::CIPLabeler::Rules, RDKit::CIPLabeler::SequenceRule
• CompareFunctionsUserData : RDKit::MCSParameters
• compareParams() : RDGeom::UniformGrid3D
• compareRectanglesByX() : RDKit::MarvinRectangle
• compareRectanglesByYReverse() : RDKit::MarvinRectangle
• compareStereo() : RDKit::Canon::bondholder
• compareTo() : RDKit::CIPLabeler::PairList
• completeAromaticRings : RDKit::RascalMCES::RascalOptions
• CompleteRingsOnly : RDKit::MCSAtomCompareParameters, RDKit::MCSBondCompareParameters
• CompositeValidation() : RDKit::MolStandardize::CompositeValidation
• Composition2N() : RDKit::FMCS::Composition2N
• Compute2DCoordParameters() : RDDepict::Compute2DCoordParameters
• compute2N() : RDKit::FMCS::Composition2N
• computeBox() : RDDepict::EmbeddedFrag
• computeCostMatrix() : RDKit::MolAlign::LAP
• computeDistMat() : RDDepict::EmbeddedFrag
• computeKey() : RDKit::FMCS::SubstructureCache::HashKey
• computeMinCostPath() : RDKit::MolAlign::LAP
• computeMMFFCharges() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
• computeProperties() : RDKit::Descriptors::Properties
• computeRemainingSize() : RDKit::FMCS::Seed
• Cond : RDKit::StructureCheck::PathEntry
• cond_used : RDKit::StructureCheck::PathEntry
• conditions : RDKit::MarvinReaction
• confId : RDKit::FingerprintFuncArguments
• confId2D : RDKit::GeneralMolSupplier::SupplierOptions, RDKit::v2::FileParsers::TDTMolSupplierParams
• confId3D : RDKit::GeneralMolSupplier::SupplierOptions, RDKit::v2::FileParsers::TDTMolSupplierParams
• confId_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• Configuration() : RDKit::CIPLabeler::Configuration
• Conformer() : RDKit::Conformer
• ConformerException() : RDKit::ConformerException
• ConicToFunctionImpl() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFT, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTCairo, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTJS, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTQt, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTSVG
• connect : RDKit::MarvinSruCoModSgroup
• ConrecSegment() : conrec::ConrecSegment
• const_iterator : RDKit::FMCS::SeedSet, RDKit::MolStandardize::TautomerEnumeratorResult::const_iterator
• CONST_SENTRY : RDKit::FilterCatalog
• ConstBondIterator_() : RDKit::ConstBondIterator_
• constrainedAtoms : ForceFields::CrystalFF::CrystalFFDetails
• ContainedType : RDKit::GeneralizedSubstruct::ExtendedQueryMol, RDKit::v1::ForwardSDMolSupplier, RDKit::v1::SDMolSupplier, RDKit::v1::SmilesMolSupplier, RDKit::v1::TDTMolSupplier
• CONTAINER_TYPE : Queries::SetQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
• context : RDKit::MarvinDataSgroup
• context_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTJS, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextJS
• continuousHighlight : RDKit::MolDrawOptions
• contourColour : RDKit::MolDraw2DUtils::ContourParams
• contourWidth : RDKit::MolDraw2DUtils::ContourParams
• contractOneMultipleSgroup() : RDKit::MarvinMultipleSgroup
• contribs() : ForceFields::ForceField
• controllingAtoms : RDKit::Canon::bondholder, RDKit::Chirality::StereoInfo
• convention : RDKit::MarvinBond, RDKit::MarvinBondStereo
• conventionValue : RDKit::MarvinBondStereo
• ConvertAtomTexts : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• convertFromOneSuperAtom() : RDKit::MarvinSuperatomSgroup
• ConvertSText : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• convertToOneSuperAtom() : RDKit::MarvinSuperatomSgroupExpanded
• coordinatePrecision : RDKit::MarvinMolBase
• coordMap : RDDepict::Compute2DCoordParameters, RDKit::DGeomHelpers::EmbedParameters
• coordScaleForQuantization : RDKit::MolDraw2DUtils::ContourParams
• copy() : DistGeom::ChiralViolationContrib, DistGeom::ChiralViolationContribs, DistGeom::DistViolationContrib, DistGeom::DistViolationContribs, DistGeom::FourthDimContrib, DistGeom::FourthDimContribs, ForceFields::AngleConstraintContrib, ForceFields::AngleConstraintContribs, ForceFields::CrystalFF::TorsionAngleContribM6, ForceFields::CrystalFF::TorsionAngleContribs, ForceFields::DistanceConstraintContrib, ForceFields::DistanceConstraintContribs, ForceFields::ForceFieldContrib, ForceFields::MMFF::AngleBendContrib, ForceFields::MMFF::BondStretchContrib, ForceFields::MMFF::EleContrib, ForceFields::MMFF::OopBendContrib, ForceFields::MMFF::StretchBendContrib, ForceFields::MMFF::TorsionAngleContrib, ForceFields::MMFF::VdWContrib, ForceFields::PositionConstraintContrib, ForceFields::TorsionConstraintContrib, ForceFields::UFF::AngleBendContrib, ForceFields::UFF::BondStretchContrib, ForceFields::UFF::InversionContrib, ForceFields::UFF::InversionContribs, ForceFields::UFF::TorsionAngleContrib, ForceFields::UFF::vdWContrib, Queries::AndQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::GreaterEqualQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::GreaterQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::LessEqualQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::LessQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::OrQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::SetQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::XOrQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, RDGeom::Point2D, RDGeom::Point3D, RDGeom::Point, RDGeom::PointND, RDKit::Atom, RDKit::AtomKekulizeException, RDKit::AtomMonomerInfo, RDKit::AtomPDBResidueInfo, RDKit::AtomRingQuery, RDKit::AtomSanitizeException, RDKit::AtomValenceException, RDKit::Bond, RDKit::CartesianProductStrategy, RDKit::EnumerationStrategyBase, RDKit::EvenSamplePairsStrategy, RDKit::ExclusionList, RDKit::FilterHierarchyMatcher, RDKit::FilterMatcherBase, RDKit::FilterMatchOps::And, RDKit::FilterMatchOps::Not, RDKit::FilterMatchOps::Or, RDKit::HasPropQuery< TargetPtr >, RDKit::HasPropWithValueQuery< TargetPtr, T >, RDKit::HasPropWithValueQuery< TargetPtr, ExplicitBitVect >, RDKit::HasPropWithValueQuery< TargetPtr, std::string >, RDKit::KekulizeException, RDKit::MolEnumerator::LinkNodeOp, RDKit::MolEnumerator::MolEnumeratorOp, RDKit::MolEnumerator::PositionVariationOp, RDKit::MolEnumerator::RepeatUnitOp, RDKit::MolSanitizeException, RDKit::MolStandardize::AllowedAtomsValidation, RDKit::MolStandardize::CompositeValidation, RDKit::MolStandardize::DisallowedAtomsValidation, RDKit::MolStandardize::DisallowedRadicalValidation, RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation, RDKit::MolStandardize::FragmentValidation, RDKit::MolStandardize::Is2DValidation, RDKit::MolStandardize::IsotopeValidation, RDKit::MolStandardize::Layout2DValidation, RDKit::MolStandardize::MolVSValidation, RDKit::MolStandardize::NeutralValidation, RDKit::MolStandardize::NoAtomValidation, RDKit::MolStandardize::RDKitValidation, RDKit::MolStandardize::StereoValidation, RDKit::MolStandardize::ValidationMethod, RDKit::QueryAtom, RDKit::QueryBond, RDKit::RandomSampleAllBBsStrategy, RDKit::RandomSampleStrategy, RDKit::RecursiveStructureQuery, RDKit::SmartsMatcher
• CopyComplete : RDKit::FMCS::Seed
• copyGene() : RDKit::RGroupDecompositionChromosome
• copyMol() : RDKit::MarvinDataSgroup, RDKit::MarvinGenericSgroup, RDKit::MarvinMol, RDKit::MarvinMolBase, RDKit::MarvinMonomerSgroup, RDKit::MarvinMulticenterSgroup, RDKit::MarvinMultipleSgroup, RDKit::MarvinSruCoModSgroup, RDKit::MarvinSuperatomSgroup, RDKit::MarvinSuperatomSgroupExpanded
• core : RDKit::RCore
• core_atoms_with_user_labels : RDKit::RCore
• core_idx : RDKit::RGroupMatch
• cores : RDKit::RGroupDecompData
• correspondence : RDKit::MarvinSruCoModSgroup
• countMatches() : RDKit::SubstructLibrary
• counts : RDKit::ScaffoldNetwork::ScaffoldNetwork
• countUserRGroups() : RDKit::RCore
• CPCI : RDKit::DGeomHelpers::EmbedParameters
• crd : ForceFields::MMFF::MMFFProp
• createChromosome() : RDKit::RGroupGa
• createDrawObjects() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• createFromParent() : RDKit::FMCS::Seed
• createPartialBond() : RDKit::RWMol
• CreateShingling() : RDKit::MHFPFingerprints::MHFPEncoder
• CRIPPEN : RDKit::MolAlign::O3A
• CrippenParamCollection() : RDKit::Descriptors::CrippenParamCollection
• crossProduct() : RDGeom::Point3D
• CubicToFunctionImpl() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFT, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTCairo, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTJS, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTQt, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTSVG
• current : RDKit::CXXAtomIterator< Graph, Vertex, Iterator >::CXXAtomIter, RDKit::CXXBondIterator< Graph, Edge, Iterator >::CXXBondIter
• customAtomInvariants : RDKit::FingerprintFuncArguments
• customBondInvariants : RDKit::FingerprintFuncArguments
• CXXAtomIter() : RDKit::CXXAtomIterator< Graph, Vertex, Iterator >::CXXAtomIter
• CXXAtomIterator() : RDKit::CXXAtomIterator< Graph, Vertex, Iterator >
• CXXBondIter() : RDKit::CXXBondIterator< Graph, Edge, Iterator >::CXXBondIter
• CXXBondIterator() : RDKit::CXXBondIterator< Graph, Edge, Iterator >